Systems Biology

Vakbeschrijving Systems Biology
Collegejaar: 2015-2016
Studiegidsnummer: 4022SBI05
Docent(en):
  • Dr. A.F.J. Ram
  • Dr. G.P.H. van Heusden
  • Dr. H.J.M. Linthorst
  • Dr. Y.H. Choi
Voertaal: Nederlands
Blackboard: Ja
EC: 6
Niveau: 300
Periode: Semester 2
Onderwijstijd in uren
(excl. zelfstudie):
98:00 uur
  • Geen Keuzevak
  • Geen Contractonderwijs
  • Geen Exchange
  • Geen Study Abroad
  • Geen Avondonderwijs
  • Geen A-la-Carte en Aanschuifonderwijs
  • Geen Honours Class

Toegangseisen

Advies: Moleculaire Biologie, Moleculaire Genetica, Moleculaire Microbiologie jaar 2

Contact

Coordinator: Dr. G.P.H.van.Heusden
Email: g.p.h.van.heusden@biology.leidenuniv.nl

Beschrijving

Een nieuwe ontwikkeling in de biologie is de Systeem Biologie. Het grote verschil met de traditionele studie van een enkel eiwit of gen is dat een groot aantal variabelen gemeten wordt in een celtype of organisme afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. De genomische sequenties (genomics) van een aantal (model)organismen zijn nu volledig bepaald, en dat aantal neemt exponentieel toe. Dit geeft inzicht in welke genen en eiwitten een organisme potentieel tot expressie kan brengen. Echter de expressie zal veelal afhangen van ontwikkeling en omgeving. Welke genen in welke mate tot expressie komen, d.w.z. de diversiteit en hoeveelheid aan mRNAs (transcriptomics) in een bepaald celtype of organisme kan nu onder bepaalde voorwaarden volledig bepaald worden m.b.v. micro-arrays. Voor metabolieten (metabolomics) en eiwitten (proteomics) is het nu nog moeilijk om dat volledig te doen, en vinden er nog volop technologische ontwikkelingen plaats. Combinatie van de verschillende omics metingen leidt tot Systems Biology, waarbij inzicht wordt verkregen in hoe het volledige biologische systeem reageert afhankelijk van ontwikkeling of omgeving. Dit maakt het mogelijk om het functioneren van cellen mathematisch te modelleren, en te komen tot de ontwikkeling van een virtuele cel. Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van systems biology, en op de praktijk aan de hand van onderzoek aan het metabolisme van bakkersgist en enkele voorbeelden gekozen uit lopend onderzoek.

Leerdoelen

Doelstellingen:
Deze cursus gaat in op de theorie van de omics technologieën, de vernieuwende voordelen van systems biology. De verschillende technologieën en de kracht en nieuwe mogelijkheden worden aan de hand van colleges en practica geïllustreerd.

Eindtermen:
De student heeft kennis verworven over Systeem Biologische aanpakken (transcriptomics, proteomics en metabolomics) en basiskennis over het omgaan en analyseren van grote data sets (Genexpressie en metabolomics (NMR-profielen)).

Rooster

Van 30 mei tot en met 1 juli 2016, voor detailrooster zie Blackboard.

Onderwijsvorm

Practicum, hoorcollege, werkcolleges, werkopdrachten, excursie, zelfstudie

Toetsing

Tentamen, mondeling presenteren

Blackboard

De powerpoint files van de colleges, alle werkopdrachten etc. worden op Blackboard geplaatst

Literatuur

Practicumhandleiding

Aanmelden

Via USIS en daarna aanmelden via Blackboard

Talen